ארץ ישראל של סוף המאה ה- 19 נמצאת בתחילתו של תהליך שינוי גורלי. הרעיון הציוני שראשוני הוגיו הם אנשי רוח, סופרים ואנשי עט, רבנים מתקדמים, ועשירים יהודים, מתחיל לקרום עור וגידים לנוכח ההתעוררות הלאומית שחלה במקומות שונים בעולם. המטרה היא ישוב ארץ ישראל והפיכתה למולדת יהודית, עם תביעה פוליטית, לאומית לאומה ריבונית. עשרות מושבות חדשות שקמו ברחבי הארץ קבעו בשטח עובדות ויחד עימן העיר העברית הראשונה, הלו היא תל-אביב.
 
חשיבותה של באר-יעקב בהקשר זה הייתה בכך שהיא עלתה על הקרקע בסמוך לשתי ערים ערביות גדולות וליד מושבה גרמנית חקלאית ובכך נקבעה גם עובדה בלתי ניתנת לערעור.
החשיבות ההיסטורית הנוספת היא בכך שבאר-יעקב הוקמה ביוזמת בני הארץ – "חברת גאולה" – בראשות דיזנגוף וחיסין, ולא מושבה נוספת אשר הסתמכה על גיוס תרומות נוספות מהברון רוטשילד.

חברת" גאולה" קנתה בשנת 1906 2,000 דונם קרקע ממושבת הגרמנים הלותרניים חוות שפון (שמבנה האבן שלה נשתמר בקיבוץ נצר סרני השכן). בכינוס שנערך בספריית שערי ציון שביפו לפני העלייה לקרקע הוחלט לחלק את השטחים המיועדים למושבה לשניים: חלקות אדמה של 50 או 100 דונם, שיימכרו לקבוצה של עולים (מרוסיה, פולין, רומניה, בולגריה, ארגנטינה ואיראן) שהתגוררו בארץ כמה שנים שבמהלכן קיבלו ניסיון בחקלאות במושבות השונות, ואילו המחצית השנייה מסך הקרקעות יימסרו לעולים מדאגסטן שהגיעו לארץ באותה שנה ועוד לפני עלייתם התקיימו מחקלאות. בראשם עמד הרב יעקב יצחקי. המושבה הוקמה על ידי שתי קבוצות אלה בשנת 1907  באזור שנקרא בערבית "ואדי למון". הרב יעקב יצחקי רכש כ-200 חלקות עבור היהודים הקווקזים. בתחילה נקראה המושבה "באר שלום" (תרגום מהערבית "ביר סאלם") אולם כבר עם הקמת המושבה נקראה "באר יעקב". בנובמבר 1907 נקבעו תקנות המושבה והוגרלו החלקות.