ארץ ישראל של סוף המאה ה- 19 נמצאת בתחילתו של תהליך שינוי גורלי. הרעיון הציוני שראשוני הוגיו הם אנשי רוח, סופרים ואנשי עט, רבנים מתקדמים, ועשירים יהודים, מתחיל לקרום עור וגידים לנוכח ההתעוררות הלאומית שחלה במקומות שונים בעולם. המטרה היא ישוב ארץ ישראל והפיכתה למולדת יהודית, עם תביעה פוליטית, לאומית לאומה ריבונית. עשרות מושבות חדשות שקמו ברחבי הארץ קבעו בשטח עובדות ויחד עימן העיר העברית הראשונה, הלו היא תל-אביב.
 
חשיבותה של באר-יעקב בהקשר זה הייתה בכך שהיא עלתה על הקרקע בסמוך לשתי ערים ערביות גדולות וליד מושבה גרמנית חקלאית ובכך נקבעה גם עובדה בלתי ניתנת לערעור.
החשיבות ההיסטורית הנוספת היא בכך שבאר-יעקב הוקמה ביוזמת בני הארץ – "חברת גאולה" – בראשות דיזנגוף וחיסין, ולא מושבה נוספת אשר הסתמכה על גיוס תרומות נוספות מהברון רוטשילד.

חברת "גאולה" קנתה בשנת 1906 2,000 דונם קרקע ממושבת הגרמנים הלותרניים חוות שפון שמבנה האבן שלה נשתמר בקיבוץ נצר סירני השכן). בכינוס שנערך בספריית שערי ציון שביפו לפני העלייה לקרקע הוחלט לחלק את השטחים המיועדים למושבה לשניים: חלקות אדמה של 50 או 100 דונם, שיימכרו לקבוצה של עולים (מרוסיה, פולין, רומניה, בולגריה ארגנטינה ואיראן) שהתגוררו בארץ כמה שנים שבמהלכן קיבלו ניסיון בחקלאות במושבות השונות, ואילו המחצית השנייה מסך הקרקעות יימסרו לעולים מדאגסטן שהגיעו לארץ באותה שנה ועוד לפני עלייתם התקיימו מחקלאות. בראשם עמד הרב יעקב יצחקי. המושבה הוקמה על ידי שתי קבוצות אלה בשנת 1907  באזור שנקרא בערבית "ואדי למון". הרב יעקב יצחקי רכש כ-200 חלקות עבור היהודים הקווקזים. בתחילה נקראה המושבה "באר שלום" (תרגום מהערבית "ביר סאלם") אולם כבר עם הקמת המושבה נקראה "באר יעקב". בנובמבר 1907 נקבעו תקנות המושבה והוגרלו החלקות.

מיד לאחר קום המדינה הוקמה בסמוך לבאר יעקב מעברת העולים הגדולה מעברת באר יעקב (אשר נקראה אחר כך בשם "מעברת חוטר") והיא צורפה לבאר יעקב בשנת 1965.

(מתוך ה'בקר' 17 לאוגוסט 1965)

כן צורפו לישוב: כפר הנוער יוהנה ז'בוטינסקי, בית החולים שמואל הרופא ובית החולים אסף הרופא אשר הוקמו במחנות בריטיים שפונו ובנוסף סופח לשטחה של המועצה המקומית מושב תלמי מנשה אשר הוקם ב-1953  מזרחה לבאר יעקב. המושב הוא אומנם חלק משטח השיפוט המוניציפלי של באר יעקב אך הוא מקיים אורח חיים עצמאי: מתקיימת בו אגודה חקלאית שיתופית המאגדת את יושבי המקום, ובנוסף מתקיימים בו חיי קהילה לבני המושב, עד שנות האלפיים שמר היישוב על אופי כפרי למחצה.

מעברת באר יעקב הוקמה בשנת 1949, כמחנה זמני לעולים חדשים. היא הוקמה על שטח של מחנה צבא בריטי שעל חלקו הוקם גם בית החולים שמואל הרופא. במקום הוקמו תחילה רק אוהלים, היא שימשה מחנה מעבר, ורוב תושבי המעברה הועברו לאחר זמן קצר לדיור קבע. בסך הכל במשך השנים עברו בה כ-20,000 איש. בשנת 1952 היו במעברה כ-600 משפחות, בעיקר עולים מתוניס וטורקיה, והם ערכו מספר הפגנות בדרישה שיוקמו להם צריפי עץ, עם חיבור לחשמל ומים.

(מתוך 'קול העם' 29 אפריל 1952)

(מתוך 'הארץ' 9 ביוני 1952)

בשנת 1961 עוד גרו במעברה כ-2,000 תושבים והוחלט לשנות את שמה ל"מעברת חוטר" (על פי הפסוק בספר ישעיה "ויצא חוטר מגזע ישי, ונצר משרשיו יפרה").  בשנת 1962 הוכרז על תוכנית לפינוי המעברה. בשנת 1970 במעברה גרו עדיין כ-200 תושבים, 28 משפחות שחלקם עם עשרה ילדים ויותר. תושבים אלו סירבו להצעות שונות לדיור חלופי ונשארו במקום. בשנת 1977 קיבלה החברה לפיתוח אזור לוד-רמלה את האחריות לחיסול המעברה, היא הצליחה להגיע להסכם פינוי עם שש משפחות אך במקום נותרו עוד 34 משפחות. בשנות ה-80 הייתה "מעברת חוטר" המעברה האחרונה שנותרה במדינת ישראל, ותושביה סירבו להתפנות, אף על פי שחיו בתנאים קשיים ביותר.

החברה לפיתוח אזור לוד-רמלה שכרה את שירותיו של איש העסקים דוד אפל שיפעל כקבלן פינוי ובתמורה קיבל את הקרקע להקמת שכונת וילות. אפל גם קיבל תקציב ממשרד השיכון לפיצוי התושבים. בין השנים 1983 ל-1985 הגיע להסכם עם התושבים האחרונים שנותרו במעברה, הרס אותה והחל לבנות שכונה חדשה. במאי 1989 נעצר אפל בחשד לגנבה ומרמה בפרויקט פינוי "מעברת חוטר", על פי החשד הועברו כ-1.75 מיליון דולר מכספי משרד השיכון לחברה בבעלותו של אפל, מבלי שניתן דיווח למה שימשו הכספים. הפרשה נחשפה לאחר ביקורת של מבקר המדינה על ניהול הפרויקט.

(מתוך 'מעריב' 24 במאי 1989)