עירייה- מוסד ציבורי המנווט ומנהל את ענייני היישוב. תפקיד המועצה הוא להעניק שירותים חיוניים לתושבים, לדאוג לפיתוחו של היישוב ושיפור תמידי באיכות החיים של אלה הגרים בו.

עיריית באר-יעקב מורכבת משני מנגנונים עיקריים: מועצת היישוב - גוף ציבורי הנבחר על ידי הציבור, מופקד על קביעת המדיניות, על סדר העדיפויות התקציבי ואישורו, ועל הפיקוח והבקרה אחר ביצוע המדיניות.
בבאר-יעקב המועצה מונה 13חברים, הנבחרים אחת ל -5 שנים ע"י תושבי היישוב.

ראש העיר - אחד מחברי המועצה והעומד בראשה, נבחר בבחירות ישירות ונפרדות. פקידות העירייה - הינו המנגנון העירוני המופקד על ביצוע מדיניות העירייה והנהלתה.

פקידות העירייה כוללת את המנהלים וציבור העובדים והם אלה אשר דואגים, לתפעולן היומיומי של מערכות העירייה.

השירותים הניתנים ע"י עיריית באר-יעקב מורכבים ומגוונים. מבנה העירייה הוא לפי חלוקה לאגפים ומחלקות.